A kerület civil szervezeteit bemutató 2014-es kiadványban 21 olyan szervezetet jelenik meg, amelyek az egészségügy területén végzik tevékenységüket, közülük jelenleg nyolc szervezettel kötött az önkormányzat együttműködési megállapodást.
- Flóra 2007 Közhasznú Alapítvány célja a halmozottan sérült, autizmussal élő gyermekek és fiatalok terápiás jellegű fejlesztése
- Gézengúz Alapítvány a Születési Károsultakért 1990-óta foglalkozik idegrendszeri sérült, mozgássérült, halmozottan sérült, koraszülött, eltérő fejlődésmenetű, szenzomotoros fejlődésükben veszélyeztetett csecsemők és kisgyermekek, komplex vizsgálatával, terápiás, rehabilitációs, fejlesztő és preventív ellátásával – 0-6 éves korig. Az együttműködés értelmében az Alapítvány vállalja, hogy 5 fő III. kerületi gyermeket térítésmentesen részesít ellátásban.
- Kék Pont Drogkonzultációs Központ és Drogambulancia Alapítvány a szerhasználat megelőzését, a kábítószer-használat komplex kezelését és a droghasználattal összefüggő ártalmak csökkentését tűzte ki célul.
- Magyar Akupunktúra és Moxaterápiás Egyesület a kerületben működő szociális, kulturális és oktatási intézményekben ingyenes foglalkozások, előadások keretében tanítja és terjeszti a meridián tornát.
- Magyar Hospice Alapítvány megalakulása óta végzi betegek hospice szellemű, humánus ápolását.
- Magyar Máltai Szeretetszolgálat Egyesület az általa működtetett „Mobil Tüdőgondozó Állomás” szolgáltatásait és igénybevételi lehetőségét térítésmentesen biztosítja az Önkormányzat illetékességi területén élő fogyatékos személyek számára.
- Magyar Vöröskereszt Fővárosi Szervezete egészségügyi prevenciós és szűrési programokat szervez, valamint munkahelyi és iskolai elsősegélynyújtó képzéseket, tanfolyamokat tart.
- Óbuda-Békásmegyer Mentőalapítvány hatékony segítséget biztosít a kerületi lakosság sürgősségi ellátásának javítása érdekében, és legfőbb célja a kerületi mentőállomás és mentőegységek felszerelésének korszerűbbé tétele.